Le directeur général de l’ICR est un médecin nommé par le ministre de la Santé pour une période de 5 ans renouvelable. Il est assisté par un directeur général adjoint en charge de la gestion de l’établissement et d’une équipe de direction. Les soins médicaux sont placés sous la responsabilité de départements et de comités d’organe pluridisciplinaires.
Un conseil d’administration
Présidé par le préfet de la région Midi-Pyrénées, le conseil d'administration est composé de personnalités qualifiées, des représentants de l'université, de l’INCa, du CHU, du conseil économique et social régional (CESR), des représentants du personnel et des usagers.
Un comité scientifique
Composé de personnalités extérieures à l'Institut, il rassemble des chercheurs de renommée nationale et internationale. Il a une mission de conseil stratégique sur les grandes orientations scientifiques de l‘Institut.