Institut Claudius Regaud

Dr Ben Allal, responsable

Présentation

La plateforme « profils d’expression protéique » de l’Institut Claudius Regaud fait partie de la plateforme « Interactions et profils d'Expression des Protéines » de l’IFR150, elle-même rattachée à la plateforme de protéomique de la Génopole implantée à l'IPBS.

Cette plateforme propose un ensemble de ressources, de compétences et de conseils dans le domaine du profil d'expression protéique via la technologie SELDI-TOF.

Technologie

La technologie SELDI-TOF (Surface Enhanced Laser Desorption Ionisation - Time Of Flight) permet l'obtention de profils de masses protéiques à partir de très faibles quantités d'échantillons complexes qu'ils soient biologiques ou non (sang, urine, liquide d'effusion, lysat, cellules...). Cette technologie combine la chromatographie d'affinité, pour capturer les protéines de l'échantillon de façon sélective sur des surfaces chimiques variées, et la spectrométrie de masse en temps de vol, pour assigner une masse moléculaire à chacune des espèces protéiques retenues. Différentes surfaces/barrettes sont disponibles, permettant la capture et l'analyse de sous-populations protéiques en fonction de leurs propriétés physicochimiques (protéines hydrophobes, protéines anioniques ou cationiques, protéines liant des métaux...).

Applications

Les études de profiling constituent l'application majeure de cette technologie. Ces études visent à comparer les profils protéiques d'échantillons (sérum, plasma, urine, extraits cellulaires, etc...) afin de mettre en évidence d'éventuelles différences d'expression pouvant représenter de possibles biomarqueurs. L'utilisation des surfaces de chimies différentes associée à la modulation de la stringence des lavages peut permettre ensuite d'établir une stratégie de purification de la protéine d'intérêt. La technologie SELDI-TOF peut également être mise à profit dans le cadre d'études d'interactions moléculaires, via l'utilisation de surfaces préactivées, mais aussi pour la vérification de pureté d'un échantillon lors de différentes phases de purification etc...

La plateforme assure :

• Les profils protéiques d’échantillons biologiques complexes (Sang, urine, liquide d’effusion, lysat cellulaires etc.. ) par SELDI-TOF (Surface Enhanced Laser Desorption Ionisation - Time Of Flight) technique qui combine la chromatographie d’affinité (pour capturer de façon sélective les protéines d’un échantillon via des surfaces de chimies variées) et la spectrométrie de masse en temps de vol (pour assigner une masse moléculaire à chacune des espèces protéiques retenues) ;
• L'électrophorèse 1/2D ;
• L'analyse Gels 1D/2D ;
• Les conseils, aide méthodologiques et orientation d’application des différentes techniques en protéomique ;
• le conseil et l'aide à la conception et à la mise en place des expériences ;
• le conseil et l'aide à la purification ;
• le conseil et l'aide à l’identification ;
• le conseil et l'aide à la rédaction de rapports et depublications, ainsi qu'à la valorisation de des résultats.

Equipements

• Biomek 2000 (Beckman Coulter) pour le prétraitement des échantillons et la préparation des barettes.

• PCS 4000 version entreprise (ProteinChip Reader Biorad) : acquisition des profils protéiques.

• Densitomètre GS800 PC 1D/ 2D (BioRad)

• Logiciel ProteinChip Data Manager : analyse des données.

• Logiciels QuantityOne et PDQUEST : analyse des gels 1D et 2D.